Nissan har under många år varit ett förorenat vattendrag men har på senare tid
återhämtat sig.

Under 1900-talet växte tätorterna längs Nissan och från dessa släpptes stora mängder orenat avloppsvatten ut i ån. I början av 1970-talet byggdes avloppsreningsverk i kommunen och vattenkvaliteten blev bättre.

Försurning

Försurning är ett annat miljöproblem som drabbat djurlivet i Nissan och i tillrinnande bäckar och åar. På 1960- och 70-talen slogs hela fiskbestånd ut på grund av låga pH-värden. Orsaken till försurningen visade sig vara luftföroreningar som transporterades med vindarna från kontinenten och de brittiska öarna. I våra trakter förstärktes effekten av att vi har en bergrund som inte kan neutralisera det sura nedfallet. För att motverka försurningen påbörjades en omfattande kalkning av sjöar och vattendrag i början av 1980-talet. Som mest spreds årligen uppemot 5 000 ton kalk i kommunen. Luftföroreningarna har minskat men kalkning krävs fortfarande.